Hoppande gener och antibiotikaresistens

Examensarbete för kandidatexamen

Använd denna länk för att citera eller länka till detta dokument: https://hdl.handle.net/20.500.12380/238518
Ladda ner:
Fil Beskrivning StorlekFormat 
238518.pdfFulltext3.44 MBAdobe PDFVisa
Typ: Examensarbete för kandidatexamen
Bachelor Thesis
Titel: Hoppande gener och antibiotikaresistens
Författare: Finati, Sara
Källsgård, Anna
Curry, Emily
Neimantaite, Deimante
Martinsson, Anton
Isaksson, Rikard
Sammanfattning: Hoppande gener mellan bakterier är idag en av de största orsakerna till spridningen av antibiotikaresistens. Då många sjukdomar behandlas med antibiotika är det här ett stort problem. Detta kandidatarbete syftar därför till att utveckla en matematisk modell med uppgift att identifiera främmande gener hos en bakterie. Genom att betrakta DNA-sekvenser som Markovkedjor utformades en modell som beräknar sannolikhetsvärden för delsekvenser av en bakteries genom. Områden med låga sannolikhetsvärden urskiljdes då motsvarande DNA-sekvenser eventuellt härstammar från en annan bakterie. Detta utfördes för olika ordningar på Markovkedjan samt för olika längder på delsekvenserna för att få en överblick över modellens beteende. En undersökning av antagandet att DNA-sekvenser kan ses som Markovkedjor resulterade i att antagandet inte gäller. Däremot påvisar både en sensitivites- och specificitetsanalys på simulerade DNA-sekvenser samt tester av verkliga genom goda resultat. Modellen identifierar flertalet hoppande gener varav en del går att härleda till antibiotikaresistenta gener. Modellen upptäcker också områden som inte är relaterade till hoppande gener. Därför presenteras en redogörelse för hur en eventuell vidareutveckling av modellen kan genomföras.
Nyckelord: Grundläggande vetenskaper;Matematik;Basic Sciences;Mathematics
Utgivningsdatum: 2016
Utgivare: Chalmers tekniska högskola / Institutionen för matematiska vetenskaper
Chalmers University of Technology / Department of Mathematical Sciences
URI: https://hdl.handle.net/20.500.12380/238518
Samling:Examensarbeten för kandidatexamen // Bachelor Theses



Materialet i Chalmers öppna arkiv är upphovsrättsligt skyddat och får ej användas i kommersiellt syfte!