UTFORMANDE OCH ANALYS AV SLÄKTTRÄDET ÖVER GEMs
Ladda ner
Typ
Examensarbete på kandidatnivå
Program
Publicerad
2020
Författare
H. Berntsson, Elin
Lindqvist, Kennet
Le, Yi
Witte, Lisa-Marie
Sandstig, Gaston
Jewahri I, Yousuf
Modellbyggare
Tidskriftstitel
ISSN
Volymtitel
Utgivare
Sammanfattning
Genome-Scale Metabolic Models (GEMs) beskriver reaktionerna i en organisms metaboliska
system utifrån dess gener. Modellerna simuleras för många olika applikationer,
såsom forskning på sjukdomar eller evolutionära processer. Sedan 1999, då
den första GEM publicerades, har området växt och flera modeller har konstruerats
för en rad olika organismer. Syftet med projektet är att göra återanvändningen och
utvecklingen av GEMs mer tillgänglig, transparent och funktionell för forskare och
andra parter inom området. Projektets utformning skedde enligt FAIR-principerna,
som är en viktig aspekt inom systembiologi-branschen. Målet med detta projekt är
att samla och analysera data av 182 GEMs, där annoteringen ”modellåteranvändning”
berikas med ett nydefinierat set av annoteringsparametrar. Den slutgiltiga
produkten ger en kompakt och koncis visualisering av denna information. Annoteringsparametrar
såsom modellnamn, publiceringsår och modellarv adderades i ett
dataset som utgörs av 107 artiklar med tillhörande 182 modeller. Med hjälp av MATLAB
kunde processen för annotering av datasetet delvis automatiseras. Resultatet
av annoteringen är ett dataset i JSON-format, som användes för att visualisera ett
släktträd över GEMs, där datan är sorterad efter både publiceringsår och en klassificering
av organismer. En kvalitativ studie utfördes som en komplementär metod,
genom att intervjua fem forskare som har GEMs som huvudforskningsområde. Åsikter
och tankar samlades under intervjuerna och ansågs vara inspirerande för både
de aktuella frågorna som besvaras i projektet och framtida projekt. En del idéer,
såsom integrering av versionshantering och ID av modellkomponenter skulle kunna
bidra till att öka lättillgängligheten och återanvändbarheten av GEMs. Datasetet
och dess visualisering öppnar möjligheter för ett mer transparent GEM-område som
i sin tur gynnar och främjar en fortsatt utveckling och standardisering av GEMs.
Beskrivning
Ämne/nyckelord
Genome-Scale Metabolic Model, , GEM , Model reuse , Model inheritance , Constraint-based model