Atomära molekyldynamiksimuleringar av interaktionen mellan disackarider och Huntingtinpeptider - Borg, Olivia; Einarsson, Elinor; Podda Grahn, Erik; Weber, Maria; Ögren, Linnéa (My University, 2021)
Huntingtons är en neurodegenerativ sjukdom vilken idag saknar botemedel. Den uppstår som konsekvens av en mutation i det så kallade Huntingtinproteinet, vilket senare leder till att proteinet bildar toxiska aggregat. Denna studie syftar till att studera hur två framstående proteinstabiliserande sackarider - sackaros och trehalos - påverkar två mindre peptider - 2LD2 och 6N8C - av det större Huntingtinproteinet, och huruvida sackariderna kan minska deras aggregering. Vidare undersöktes om vattenkoncentrationen i peptidernas omgivning påverkar sackaridernas stabiliseringsförmåga. För att studera de intermolekylära interaktionerna mellan sackariderna och peptiderna tillämpades atomära molekyldynamiksimuleringar, med vilka interaktioner hos molekylerna kan studeras på atomär nivå och med hög tidsupplösning. Simuleringarna analyserades med hjälp av ett antal utvalda analysmetoder, där resultaten indikerar båda sackariderna som goda stabilisatorer, med trehalos som den främsta av de två. Vattenmängdens påverkan på stabiliseringen fastslås som minimal, och ett specifikt sekundärstruktursintervall kan kopplas till maximal stabilisering av peptiderna i de studerade systemen. Slutligen identifieras ett antal aminosyror som möjliga kandidater centrala för aggregeringen.