Atomära molekyldynamiksimuleringar av interaktionen mellan disackarider och Huntingtinpeptider
Typ
Examensarbete för kandidatexamen
Program
Publicerad
2021
Författare
Borg, Olivia
Einarsson, Elinor
Podda Grahn, Erik
Weber, Maria
Ögren, Linnéa
Modellbyggare
Tidskriftstitel
ISSN
Volymtitel
Utgivare
Sammanfattning
Huntingtons är en neurodegenerativ sjukdom vilken idag saknar botemedel. Den
uppstår som konsekvens av en mutation i det så kallade Huntingtinproteinet, vilket
senare leder till att proteinet bildar toxiska aggregat. Denna studie syftar till att
studera hur två framstående proteinstabiliserande sackarider - sackaros och trehalos
- påverkar två mindre peptider - 2LD2 och 6N8C - av det större Huntingtinproteinet,
och huruvida sackariderna kan minska deras aggregering. Vidare undersöktes
om vattenkoncentrationen i peptidernas omgivning påverkar sackaridernas stabiliseringsförmåga.
För att studera de intermolekylära interaktionerna mellan sackariderna
och peptiderna tillämpades atomära molekyldynamiksimuleringar, med vilka
interaktioner hos molekylerna kan studeras på atomär nivå och med hög tidsupplösning.
Simuleringarna analyserades med hjälp av ett antal utvalda analysmetoder,
där resultaten indikerar båda sackariderna som goda stabilisatorer, med trehalos
som den främsta av de två. Vattenmängdens påverkan på stabiliseringen fastslås
som minimal, och ett specifikt sekundärstruktursintervall kan kopplas till maximal
stabilisering av peptiderna i de studerade systemen. Slutligen identifieras ett antal
aminosyror som möjliga kandidater centrala för aggregeringen.