Dynamisk Modellering av Glukosavkännande signalvägar i Saccharomyces Cerevisiae

Abstract

Det blir allt vanligare att människor insjuknar i metaboliska sjukdomar som diabetes. För att motverka denna negativa hälsotrend krävs kunskap om cellulära processer för glukosreglering. Denna kunskap kan fås genom att studera interaktioner mellan substanser i komplexa biologiska system. I följande arbete var syftet att konstruera en dynamisk modell som beskriver nätverket för glukosreguleringen i Saccharomyces cerevisiae, utifrån en befintlig modell. Arbetets modell skapades genom att formulera ordinära differentialekvationer (ODE:er) som beskriver nätverkets koncentrationsförändringar. ODE-systemet löstes med en kostnadsfunktion, där en optimeringsalgoritm implementerades från grunden för att estimera okända parametrar i nätverket. Estimeringen lyckades inte på ett övertygande sätt bestämma parametervärdena och en diskussion fördes därför angående huruvida mängden tillgänglig data eller andra metodval hade kunnat förbättra modellen. Slutsatsen blev att större set data och en kraftigare optimeringsalgoritm troligtvis hade resulterat i mindre avvikande prediktioner.