Beräkning av kemisk likhet mellan substrat för karaktärisering av ett enzyms substratpromiskuitet

Visa enkel post
dc.contributor.authorRydholm, Emma
dc.contributor.authorHögberg, David
dc.contributor.authorPersson, Jonatan
dc.contributor.authorVojskovic, Isabella
dc.contributor.authorMARTAENG, RASMUS
dc.contributor.authorPettersson, Oskar
dc.contributor.departmentChalmers tekniska högskola / Institutionen för matematiska vetenskapersv
dc.contributor.departmentChalmers University of Technology / Department of Mathematical Sciencesen
dc.date.accessioned2019-07-05T11:58:19Z
dc.date.available2019-07-05T11:58:19Z
dc.date.issued2019
dc.description.abstractDen traditionella synen på enzym är att de är specifika för vilka reaktioner de katalyserar och vilka substrat de kan transformera, men i allmänhet uppvisar enzym en högre grad av mångsidighet än så. Egenskapen hos enzym att kunna transformera flera strukturellt olika substrat kallas ofta för substratpromiskuitet, vilket bland annat är viktigt att studera för att bättre förstå metabola processer och hur enzym evolutionärt kan utveckla nya funktioner. Med tillgång till information om enzym och deras substrat i enzymdatabaser kan den här typen av promiskuitet undersökas kvantitativt, givet ett sätt att mäta hur strukturellt lika substraten är. Fokus för det här projektet är att först undersöka relevanta kemoinformatiska metoder för att beräkna kemisk likhet mellan molekyler och sedan med hjälp av metoderna utveckla kod som beräknar strukturella likheter mellan ett enzyms substrat. Den slutliga koden är skriven i Python och tar en lista med substratnamn för en enzymklass som input. Koden kan sedan beräkna olika likhetsvärden mellan substraten samt skapa visualiseringar av de kemiska strukturerna och deras likheter. Förhoppningen är att koden ska kunna vidareutvecklas och användas av forskare på avdelningen för Systembiologi på Chalmers tekniska högskola för att vidare studera enzym och deras promiskuitet. Källkoden finns även tillgänglig på webbplattformen Github.
dc.identifier.urihttps://hdl.handle.net/20.500.12380/257154
dc.language.isoswe
dc.setspec.uppsokPhysicsChemistryMaths
dc.subjectLivsvetenskaper
dc.subjectMänniska-datorinteraktion (interaktionsdesign)
dc.subjectGenusstudier
dc.subjectÖvrig annan samhällsvetenskap
dc.subjectLife Science
dc.subjectHuman Computer Interaction
dc.subjectGender Studies
dc.subjectOther Social Sciences not elsewhere specified
dc.titleBeräkning av kemisk likhet mellan substrat för karaktärisering av ett enzyms substratpromiskuitet
dc.type.degreeExamensarbete för kandidatexamensv
dc.type.degreeBachelor Thesisen
dc.type.uppsokM2
Ladda ner
Original bundle
Visar 1 - 1 av 1
Bild (thumbnail)
Namn:
257154.pdf
Storlek:
1.35 MB
Format:
Adobe Portable Document Format
Beskrivning:
Fulltext
Ladda ner
Samling
Examensarbeten för kandidatexamen